Me tome la libertad de modificarlo un poco y mejorar el tema de los codecs que usa porque el codec h263 la verdad que no me daba un buen resultado, asi que lo cambie por el codec h264 (libx264) y para que tengan audio use el codec aac (libfaac)
El problema viene en que probe los videos en varios telefonos y a algunos samsung los pone lentos, desconozco el porque pero se soluciona borrando el video

dijo:#!/bin/sh
if [ $# -eq 0 ]; then
echo "Uso: $0 [lista de ficheros flv]"
exit
fi
if [ $1 = * ]; then
lista=`ls`
else
lista=$*
fi
for fichero in $lista; do
echo "Procesando $fichero."
ficherosalida=`echo $fichero|cut -f1 -d"."`.3gp
ffmpeg -i $fichero -s qcif -vcodec libx264 -r 25 -b 200 -acodec libfaac -ab 64 -ac 1 -ar 8000 $ficherosalida
done
echo "Proceso concluido."
El uso es simple, nos situamos en la carpeta donde tengamos el scipt y los videos que deseamos convertir, corremos el script indicandole los nombres de los videos o si queremos convertir todos los que esten en la carpeta lo indicamos con un asterisco (*)
presionamos enter y listo, ffmpeg empezara a convertir con los parametros que le pasamos en el script.
La mejora de este scrip es mia pero no su autoria, si algun user es o conoce al creador mande un mensaje y sera agregado al post. No lo incluyo ahora por que la verdad no me acuerdo de donde lo saque

Cualquier duda MP o comentario y sera respondida lo antes posible

Aca les dejo un post mio relacionado para usar ffmpeg y hacer basicamente lo mismo pero "paso a paso"
Gracias por pasar, suerte y feliz año nuevo para todos!