Normalmente, cuando usás el terminal para ejecutar un programa, si querés cerrar el terminal, esto cerrará también el programa en ejecución. Para evitar este comportamiento, existe un pequeño truco.
Supongamos que abriste nautilus desde un terminal ejecutando:
nautilus
Ahora querés cerrar el terminal sin que se cierre la ventana de Nautilus. Para ello, presioná Ctrl + z en el terminal y ejecutá los siguientes comandos:
disown -h %1
bg 1
Una vez hecho eso, podés cerrar el terminal sin que ello repercuta en el programa que abriste desde el terminal.