Se puede reparar el registro de Windows desde Linux sin necesidad de ingresar a Windows, usando un LiveCD de Linux. En el foro de Ubuntu un usuario mostró como hacerlo.
La herramienta que se usa es chntpw, pero la mayoría de los LiveCDs no la tienen, pero si estas usando una maquina con conexión a Internet puedes instalarla de la forma en que instalas normalmente. Una vez instalada chntpw y con la partición de Windows montada en Linux, puedes seguir los siguientes comandos para reparar el registro de Windows:
chntpw -l /media/windows/Windows/system32/config/software
Movete al conjunto de registro que necesitas, por ejemplo:
cd MicrosoftWindows NTCurrentVersionWinlogon
y luego editas la clave:
ed Shell
Por supuesto que debes de saber cual es la clave del registro que necesitas arreglar, pero ese caso es común cuando estas eliminando un virus o tratando de solucionar un problema especifico que esta colgando el Windows. Aunque esta guía esta escrita para Ubuntu, la herramienta chntpw se encuentra en otros repositorios de Linux.
http://comulinux.blogspot.com/2010/07/reparar-el-registro-de-windows-desde.html